Benteng Pendem merupakan bekas markas pertahanan tentara Hindia Belanda

Bangunan benteng pendem terdiri dari beberapa ruang yang masih kokoh hingga kini. Namun, sejak awal ditemukan, ruangan dalam benteng belum sepenuhnya diketahui. Ruangan dalam benteng yang umum diketahui terdiri dari barak, benteng pertahanan, benteng pengintai, ruang rapat, klinik pengobatan, gudang senjata, gudang mesiu, ruang penjara, dapur, ruang perwira, dan ruang peluru. Ada pula yang menyatakan bahwa dalam benteng tersebut terdapat terowongan menuju benteng-benteng lain dan sejumlah gua di pulau Nusakambangan. Namun, hingga kini hal itu belum sepenuhnya terbukti.^[4]